Glen St. Mary, Florida está situado a unas 30 millas de la costa, y esta distancia terrestre proporciona un amortiguador contra la marejada ciclónica, uno de los factores principales del daño relacionado con los huracanes. Sin embargo, las amenazas de huracanes para esta ciudad del interior a menudo incluyen altas velocidades del viento, fuertes lluvias e inundaciones como parte de las consecuencias de un fuerte sistema de tormentas. La elevación de la ciudad es relativamente baja, elevándose unos míseros 43 pies sobre el nivel del mar, lo que la hace más propensa a las inundaciones, especialmente debido a las lluvias torrenciales de un sistema tropical. Además, dado que la ciudad se encuentra en el río St. Mary's, posee un mayor riesgo de inundaciones fluviales.

En los últimos 30 años, sistemas tropicales importantes, incluyendo el huracán Irma en 2017 y el huracán Matthew en 2016, han impactado a Glen St. Mary, Florida y han traído considerable lluvia e inundaciones en la región. Durante Irma, el condado de Baker, que incluye a Glen St. Mary, reportó inundación por marejada ciclónica y inundación de agua dulce, dejando muchas carreteras intransitables. El huracán Matthew también trajo alarmas de evacuaciones forzadas debido a las crecientes aguas del río St. Mary's. A pesar de estar ligeramente tierra adentro, Glen St. Mary aún debe considerar la preparación para huracanes, especialmente para eventos como ráfagas de viento fuertes e inundaciones intensas.